Weill Cornell Medicine'i ja New Yorgi genoomikeskuse teadlased on koostöös ettevõttega Oxford Nanopore Technologies välja töötanud uue meetodi, mille abil hinnata suures plaanis inimese genoomi kolmemõõtmelist struktuuri ehk genoomi voltimist. Genoom on täielik geneetiliste juhiste, DNA või RNA komplekt, mis võimaldab organismil toimida.
Seda meetodit kasutades näitasid teadlased, et raku funktsiooni, sealhulgas geeniekspressiooni, võivad mõjutada genoomis üheaegselt interakteeruvate regulatoorsete elementide rühmad, mitte nende komponentide paarid.
Nad kasutasid genoomi skaala nanopooride sekveneerimist.
Tulevased katsed uurivad, millised konkreetsed genoomsete komponentide rühmad on raku identiteedi erinevate aspektide jaoks olulised. Uus tehnoloogia võib samuti aidata teadlastel mõista, kuidas tüvirakud, keha ebaküpsed põhirakud, eristuvad erinevateks rakutüüpideks.
Teadlased võivad paremini mõista vähirakkude kõrvalekaldeid.
Abstraktne
Kõrge järgu kolmemõõtmelised (3D) interaktsioonid enam kui kahe genoomse lookuse vahel on inimese kromatiini puhul tavalised, kuid nende roll geeniregulatsioonis on ebaselge. Varasemad kõrge järgu 3D kromatiini testid mõõdavad kas genoomi kaugeid interaktsioone või proksimaalseid interaktsioone valitud sihtmärkidel. Selle lünga kõrvaldamiseks töötasime välja Pore-C, mis ühendab kromatiini konformatsiooni püüdmise ja konkatemeeride nanopooride sekveneerimisega, et profiilida proksimaalsed kõrge järgu kromatiini kontaktid genoomi skaalal. Samuti töötasime välja statistilise meetodi Chromunity, et tuvastada genoomsete lookuste komplektid, mille kõrgetasemeliste kontaktide sagedus on oluliselt kõrgem kui taust („sünergia”). Rakendades neid meetodeid inimese rakuliinidele, leidsime, et sünergia rikastati aktiivse kromatiini võimendajate ja promootorite ning kõrgelt transkribeeritud ja liini määratlevate geenide osas. Eesnäärmevähirakkudes hõlmasid need androgeeni poolt juhitud transkriptsioonifaktorite sidumissaite ja androgeeniga reguleeritud geenide promootoreid. Kõrgelt ekspresseeritud geenide kõrgetasemeliste kontaktide konkatemeerid demetüleeriti samade lookuste paariskontaktide suhtes. Sünergiat rinnavähirakkudes seostati tüfonadega, mis on komplekssete DNA amplikonide klass. Need tulemused seovad rangelt genoomi hõlmavaid kõrge astme 3D-interaktsioone liini määratlevate transkriptsiooniprogrammidega ning loovad Pore-C ja Chromunity skaleeritavate lähenemisviisidena kõrge järgu genoomi struktuuri hindamiseks.
Brian Wang on futuristide mõttejuht ja populaarne teadusblogija, kellel on miljon lugejat kuus. Tema ajaveeb Nextbigfuture.com on teadusuudiste ajaveeb. See hõlmab paljusid häirivaid tehnoloogiaid ja suundumusi, sealhulgas kosmos, robootika, tehisintellekt, meditsiin, vananemisvastane biotehnoloogia ja nanotehnoloogia.
Tuntud tipptasemel tehnoloogiate tuvastamise poolest, on ta praegu suure potentsiaaliga varajases staadiumis ettevõtete käivitamise ja korjanduse kaasasutaja. Ta on süvatehnoloogiainvesteeringuteks eraldatavate teadusuuringute juht ja ingelinvestor Space Angels'is.
Korporatsioonides sagedane esineja, ta on olnud TEDx -esineja, Singularity University esineja ja külaline paljudel raadio- ja taskuhäälingusaadete intervjuudel. Ta on avatud avalikule esinemisele ja nõustamistegevustele.
