Дослідники Weill Cornell Medicine та New York Genome Center у співпраці з Oxford Nanopore Technologies розробили новий метод для великомасштабної оцінки тривимірної структури геному людини або того, як геном складається. Геном — це повний набір генетичних інструкцій, ДНК або РНК, які забезпечують функціонування організму.
Використовуючи цей метод, дослідники продемонстрували, що на функцію клітини, включаючи експресію генів, можуть впливати групи одночасно взаємодіючих регуляторних елементів у геномі, а не пари цих компонентів.
Вони використовували секвенування нанопор в масштабі геному.
У майбутніх експериментах буде досліджено, які конкретні групи геномних компонентів важливі для різних аспектів клітинної ідентичності. Нова технологія також може допомогти дослідникам зрозуміти, як стовбурові клітини, незрілі головні клітини організму, диференціюються в різні типи клітин.
Дослідники можуть краще зрозуміти аномалії ракових клітин.
абстрактний
Тривимірні (3D) взаємодії високого порядку між більш ніж двома геномними локусами поширені в хроматині людини, але їх роль у регуляції генів неясна. Попередні 3D-аналізи хроматину високого порядку вимірюють або віддалені взаємодії в геномі, або проксимальні взаємодії на вибраних мішенях. Щоб усунути цю прогалину, ми розробили Pore-C, який поєднує захоплення конформації хроматину з нанопоровим секвенуванням конкатемерів для профілювання проксимальних контактів хроматину високого порядку в масштабі геному. Ми також розробили статистичний метод Chromunity для ідентифікації наборів геномних локусів із частотою контактів високого порядку, значно вищою за фонову («синергія»). Застосовуючи ці методи до клітинних ліній людини, ми виявили, що синергія була збагачена енхансерами та промоторами в активному хроматині та в генах, які високо транскрибуються та визначають лінію. У клітинах раку передміхурової залози це включало сайти зв’язування андроген-керованих факторів транскрипції та промоторів андроген-регульованих генів. Конкатемери контактів високого порядку в високоекспресованих генах були деметильовані відносно парних контактів у тих самих локусах. Синергія в клітинах раку молочної залози була пов'язана з тифонами, класом складних ампліконів ДНК. Ці результати чітко пов’язують 3D-взаємодії високого порядку в усьому геномі з програмами транскрипції, що визначають родовід, і створюють Pore-C і Chromunity як масштабовані підходи для оцінки структури геному високого порядку.
Брайан Ванг - лідер думок футуристів та популярний науковий блогер із 1 мільйоном читачів на місяць. Його блог Nextbigfuture.com посідає перше місце у блозі «Наукові новини». Він охоплює багато руйнівних технологій та тенденцій, включаючи космос, робототехніку, штучний інтелект, медицину, біотехнології проти старіння та нанотехнології.
Відомий тим, що визначає передові технології, в даний час він є співзасновником стартапу та збирання коштів для потенційних компаній на ранніх етапах. Він є керівником досліджень з питань розподілу інвестицій у глибокі технології та інвестором -ангелом у Space Angels.
Частий доповідач у корпораціях, він був спікером TEDx, спікером Університету Сингулярності та гостем у численних інтерв'ю для радіо та подкастів. Він відкритий для публічних виступів та консультування.
