Weill Cornell Medicine dan peneliti New York Genome Center, bekerja sama dengan Oxford Nanopore Technologies, telah mengembangkan metode baru untuk menilai dalam skala besar struktur tiga dimensi genom manusia, atau bagaimana lipatan genom. Genom adalah set lengkap instruksi genetik, DNA atau RNA, yang memungkinkan suatu organisme berfungsi.
Dengan menggunakan metode ini, para peneliti menunjukkan bahwa fungsi sel, termasuk ekspresi gen, dapat dipengaruhi oleh kelompok elemen pengatur yang berinteraksi secara bersamaan dalam genom daripada pasangan komponen ini.
Mereka menggunakan sekuensing nanopore skala genom.
Eksperimen di masa depan akan mengeksplorasi pengelompokan spesifik komponen genom yang penting untuk berbagai aspek identitas sel. Teknologi baru ini juga dapat membantu para peneliti untuk memahami bagaimana sel punca, sel induk yang belum matang, berdiferensiasi menjadi jenis sel yang berbeda.
Peneliti mungkin lebih mampu memahami kelainan pada sel kanker.
Abstrak
Interaksi tiga dimensi (3D) orde tinggi antara lebih dari dua lokus genom umum terjadi pada kromatin manusia, tetapi perannya dalam regulasi gen tidak jelas. Uji kromatin 3D tingkat tinggi sebelumnya mengukur interaksi jauh di seluruh genom atau interaksi proksimal pada target yang dipilih. Untuk mengatasi kesenjangan ini, kami mengembangkan Pore-C, yang menggabungkan penangkapan konformasi kromatin dengan sekuensing nanopore concatemers ke profil kontak kromatin orde tinggi proksimal pada skala genom. Kami juga mengembangkan metode statistik Chromunity untuk mengidentifikasi set lokus genomik dengan frekuensi kontak tingkat tinggi yang secara signifikan lebih tinggi daripada latar belakang ('sinergi'). Menerapkan metode ini ke garis sel manusia, kami menemukan bahwa sinergi diperkaya dalam penambah dan promotor dalam kromatin aktif dan dalam gen yang sangat ditranskripsi dan menentukan garis keturunan. Dalam sel kanker prostat, ini termasuk situs pengikatan faktor transkripsi yang digerakkan androgen dan promotor gen yang diatur androgen. Penghubung kontak tingkat tinggi dalam gen yang diekspresikan tinggi mengalami demetilasi relatif terhadap kontak berpasangan di lokus yang sama. Sinergi dalam sel kanker payudara dikaitkan dengan tyfonas, kelas amplikon DNA kompleks. Hasil ini secara ketat menghubungkan interaksi 3D tingkat tinggi genom ke program transkripsi yang menentukan garis keturunan dan menetapkan Pore-C dan Chromunity sebagai pendekatan yang dapat diskalakan untuk menilai struktur genom tingkat tinggi.
Brian Wang adalah Pemimpin Pemikiran Futuris dan blogger Sains populer dengan 1 juta pembaca per bulan. Blognya Nextbigfuture.com berada di peringkat #1 Blog Berita Sains. Ini mencakup banyak teknologi dan tren yang mengganggu termasuk Luar Angkasa, Robotika, Kecerdasan Buatan, Kedokteran, Bioteknologi Anti-penuaan, dan Nanoteknologi.
Dikenal karena mengidentifikasi teknologi mutakhir, dia saat ini adalah salah satu pendiri startup dan penggalangan dana untuk perusahaan tahap awal yang berpotensi tinggi. Dia adalah Kepala Riset untuk Alokasi untuk investasi teknologi dalam dan Angel Investor di Space Angels.
Sering menjadi pembicara di perusahaan, dia telah menjadi pembicara TEDx, pembicara Universitas Singularitas dan tamu di berbagai wawancara untuk radio dan podcast. Dia terbuka untuk berbicara di depan umum dan memberikan nasihat.
