WeillCornellMedicineとNewYorkGenome Centerの研究者は、Oxford Nanopore Technologiesと共同で、ヒトゲノムのXNUMX次元構造、またはゲノムの折り畳みを大規模に評価する新しい方法を開発しました。 ゲノムは、生物が機能することを可能にする遺伝子命令、DNAまたはRNAの完全なセットです。
この方法を使用して、研究者らは、遺伝子発現を含む細胞機能が、これらの成分のペアではなく、ゲノム内で同時に相互作用する調節エレメントのグループによって影響を受ける可能性があることを実証しました。
彼らはゲノムスケールのナノポアシーケンシングを使用しました。
将来の実験では、ゲノム成分のどの特定のグループが細胞のアイデンティティのさまざまな側面に不可欠であるかを探求します。 新しい技術はまた、研究者が体の未成熟なマスター細胞である幹細胞がどのように異なる細胞型に分化するかを理解するのに役立つかもしれません。
研究者は癌細胞の異常をよりよく理解できるかもしれません。
Nature Biotechnology –ゲノムスケールのナノポアコンカテマーシーケンシングからの高次3Dクロマチンコンフォメーション
抽象
3つ以上のゲノム遺伝子座間の高次の3次元（3D）相互作用は、ヒトのクロマチンでは一般的ですが、遺伝子調節におけるそれらの役割は不明です。 以前の高次XNUMXDクロマチンアッセイは、ゲノム全体の遠隔相互作用または選択したターゲットでの近位相互作用のいずれかを測定します。 このギャップに対処するために、クロマチンコンフォメーションキャプチャとコンカテマーのナノポアシーケンシングを組み合わせて、近位の高次クロマチン接触をゲノムスケールでプロファイリングするPore-Cを開発しました。 また、バックグラウンド（「相乗効果」）よりも大幅に高い高次接触の頻度を持つゲノム遺伝子座のセットを識別するための統計的手法Chromunityを開発しました。 これらの方法をヒト細胞株に適用すると、相乗効果が、活性クロマチンのエンハンサーとプロモーター、および高度に転写された系統を定義する遺伝子に富んでいることがわかりました。 前立腺癌細胞では、これらにはアンドロゲン駆動型転写因子の結合部位とアンドロゲン調節遺伝子のプロモーターが含まれていました。 高度に発現された遺伝子における高次接触のコンカテマーは、同じ遺伝子座でのペアワイズ接触と比較して脱メチル化された。 乳がん細胞の相乗効果は、複雑なDNAアンプリコンのクラスであるtyfonasと関連していた。 これらの結果は、ゲノム全体の高次XNUMXD相互作用を系統を定義する転写プログラムに厳密にリンクし、高次ゲノム構造を評価するためのスケーラブルなアプローチとしてPore-CとChromunityを確立します。
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最先端のテクノロジーを特定することで知られる彼は、現在、潜在的な初期段階の企業のスタートアップおよび募金活動の共同創設者です。 彼は、ディープテクノロジー投資の割り当てに関する調査責任者であり、SpaceAngelsのエンジェル投資家です。
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