개요
진핵생물이라는 생명의 영역을 총체적으로 구성하는 모든 동물, 식물, 균류 및 원생생물은 거의 반세기 동안 연구원들을 당혹스럽게 했던 독특한 특징을 가진 게놈을 가지고 있습니다. 그들의 유전자는 단편화되어 있습니다.
그들의 DNA에는 단백질을 만드는 방법에 대한 정보가 길고 일관된 염기열로 배치되어 있지 않습니다. 대신, 유전자는 중간 서열 또는 "인트론"이 있는 세그먼트로 분할되어 단백질의 일부를 암호화하는 엑손을 배치합니다. 진핵생물이 유전자를 발현할 때 세포는 인트론에서 RNA를 분리하고 엑손에서 RNA를 연결하여 단백질의 레시피를 재구성해야 합니다.
진핵생물이 이 바로크 시스템에 의존하는 이유에 대한 미스터리는 진핵생물 가계도의 여러 가지가 풍부한 인트론에서 광범위하게 다양하다는 발견과 함께 심화되었습니다. 예를 들어 효모의 유전자에는 인트론이 거의 없지만 육상 식물에는 인트론이 많이 있습니다. 인트론은 인간 DNA의 거의 25%를 구성합니다. 인트론 빈도의 이 엄청난 수수께끼 같은 변이가 어떻게 진화했는지는 수십 년 동안 과학자들 사이에서 논쟁을 불러일으켰습니다.
그러나 일부 과학자들이 일종의 게놈 기생충으로 간주하는 인트로너라고 하는 유전 요소에 대한 최근 연구에서 답이 나올 수 있습니다. 이 DNA 조각은 게놈 속으로 미끄러져 들어가 그곳에서 증식할 수 있으며, 그 뒤에 풍부한 인트론을 남깁니다. 지난 XNUMX월, 연구원들은 진화 과정을 통해 다양한 진핵생물에서 인트로너가 이런 일을 해왔다는 증거를 제시했습니다. 더욱이 그들은 인트론의 폭발적인 증가가 수중 생명체에서 특히 흔한 것처럼 보이는 이유를 인트로너가 설명할 수 있음을 보여주었습니다.
그들의 발견은 "대부분의 인트론 이득을 설명할 수 있을 것"이라고 말했습니다. 러스 코베트-데티그, 새 논문의 수석 저자이자 산타 크루즈 캘리포니아 대학의 진화 유전체학 연구원.
진핵 게놈의 수수께끼
인트론이 DNA에 물방울 무늬를 이루고 있기 때문에 진핵생물의 유전자가 단백질로 직접 변환되면 생성된 분자는 일반적으로 기능이 없는 쓰레기가 됩니다. 이러한 이유로 모든 진핵 세포에는 스플라이소솜이라는 특수 유전 가위가 장착되어 있습니다. 이러한 단백질 복합체는 인트론 RNA 옆에 있는 독특한 서열을 인식하고 활성 유전자의 예비 RNA 전사체에서 제거합니다. 그런 다음 그들은 작동하는 단백질로 번역될 수 있는 메신저 RNA를 생성하기 위해 엑손의 코딩 세그먼트를 함께 접합합니다.
(일부 원핵생물도 인트론을 가지고 있지만, 그들은 스플라이소좀을 포함하지 않는 주변에서 작동하는 방법을 가지고 있습니다. 예를 들어, 일부 인트론은 "자가 접합"되어 자동으로 RNA에서 제거됩니다.)
진핵생물의 자연 선택이 spliceosomes에 의해 제거되어야 하는 인트론을 선호하는 이유는 알려져 있지 않습니다. 그러나 핵심은 그러한 인트론이 단일 유전자에서 발생할 수 있는 제품의 다양성을 극적으로 증가시키는 현상인 대체 스플라이싱을 허용한다는 것입니다. 인트론 RNA가 절단되면 엑손 RNA 서열이 약간 다른 단백질을 만들기 위해 새로운 순서로 함께 연결될 수 있다고 Corbett-Detig는 설명했습니다.
진핵 유기체의 생물학 및 유전적 복잡성에 대한 인트론의 영향에도 불구하고 인트론의 진화적 기원은 여전히 모호합니다. 1977년에 인트론이 발견된 이후, 연구원들은 이러한 침입 시퀀스가 어디에서 왔는지에 대한 수많은 이론을 개발했습니다. 인트론을 생성할 수 있는 몇 가지 메커니즘이 확인되었으며, 모두 진핵생물에 일부 인트론을 제공했을 수 있습니다. 그러나 대부분의 인트론이 어디에서 왔는지 설명할 수 있는 사람이 누구인지 말하기는 어려웠습니다.
더욱이, 인트론의 기원에 대한 수수께끼는 인트론이 진핵생물의 생명 나무 전체에 나타나는 경향이 있는 극단적인 변이에 비추어 볼 때 더욱 깊어집니다. 일부 혈통은 진화 역사 동안 인트론이 갑자기 넘쳐나는 방식으로 특히 무겁습니다. Corbett-Detig는 생명의 나무를 조사하고 나무의 각 끝에서 발견되는 인트론의 수를 조사할 때 "완전히 많은 인트론이 한 번에 진화한 특정 가지가 있어야 한다는 것을 꽤 빨리 알아낼 수 있습니다."라고 말했습니다.
폭발적인 인트론 주입에 대한 한 가지 가능한 설명은 인트론자로 알려진 특이한 종류의 유전적 요소와 관련이 있습니다. 2009년 단세포 녹조류에서 처음 기술됨 마이크로모나스, Introner는 다른 조류, 일부 곰팡이 종, dinoflagellates라고 불리는 작은 해양 유기체 및 tunicate라고 불리는 단순한 무척추 동물의 게놈에서 나중에 나타났습니다.
인트론의 특징은 인트론을 만든다는 것입니다. Introners는 적절한 스플라이싱 사이트를 제공하는 코딩 DNA 스트레치에 자신을 복사하여 붙여넣습니다. 그런 다음 그들은 코딩 DNA를 두 개의 엑손으로 분할하는 스플라이싱 사이트 옆에 있는 특정 인트론 시퀀스를 남기고 이동합니다. 이 과정은 게놈 전체에서 대규모로 반복될 수 있습니다. 예를 들어 균류에서 인트론자는 적어도 지난 100,000년 동안 인트론 증가의 대부분을 설명하는 것으로 보입니다.
개요
2016년에 연구자들이 두 종의 조류에서 인트론자가 전이 요소 또는 "점핑 유전자"라고 하는 더 큰 유전 요소 계열의 구성원인 DNA 트랜스포존과 강한 유사성을 가지고 있음을 발견했을 때 인트론이 이를 수행하는 방법이 더 명확해졌습니다. 트랜스포존은 또한 엄청난 수의 자신의 복사본을 게놈에 삽입합니다.
인트론과 트랜스포존 사이의 유사점은 대부분의 인트론이 어디에서 왔는지에 대한 미스터리에 대한 가능한 답을 강력하게 제안했습니다. Introner는 게놈에서 인트론이 대량으로 폭발하도록 만들 수 있으며, 이는 다양한 진핵생물에서 인트론이 출현하는 단속적인 패턴을 설명할 수 있습니다. 문제는 인트로너가 소수의 유기체에만 존재하는 것으로 알려져 있다는 점이었습니다.
"다른 곳을 본 사람이 있습니까?"라고 물었습니다. 랜든 고자슈티2016년 조류 연구를 읽었을 때 Santa Cruz에서 진화 유전체학에 대한 연구를 하고 있었습니다. 과학 문헌을 살펴보면 어떤 그룹도 진핵생물의 다른 곳에서 인트로너에 대한 데이터를 발표하지 않았다는 것을 알 수 있습니다. 현재 하버드 대학교에 있는 Gozashti와 Corbett-Detig와 동료들은 이를 해결하기 위해 착수했습니다.
은밀하고 풍부한 침략자
팀은 양에서 세쿼이아, 섬모 원생 생물에 이르기까지 모든 진핵 생물 다양성의 전체 범위에서 3,300개 이상의 게놈을 체계적으로 스캔했습니다. 그들은 일련의 계산 필터를 사용하여 잠재적 인트론자를 식별하고 매우 유사한 시퀀스를 가진 인트론을 찾고 거짓 긍정을 제거했습니다. 결국 그들은 찾았다. 수천 개의 인트론 전체 게놈의 약 175%에 해당하는 5개 게놈의 인트론에서 파생된 48종의 서로 다른 종입니다.
5%는 진핵 파이의 작은 조각처럼 보일 수 있습니다. 그러나 시간이 지남에 따라 인트론에 돌연변이가 축적됨에 따라 사본 간의 서열 유사성은 더 이상 동일한 출처에서 왔다는 것을 알 수 없을 때까지 악화됩니다. 오늘날 살아있는 많은 종의 진화적 혈통은 인트론의 홍수를 경험했을 수 있지만 수백만 년 전에 발생한 유입은 감지할 수 없습니다. 따라서 XNUMX% 결과는 내부자가 훨씬 더 보편적일 수 있음을 암시합니다.
게놈 기생충으로서 인트로너는 스텔스를 통해 성공을 거두었을 수 있습니다. 좋은 기생충은 그 자체로 많은 관심을 끌 수 없습니다. 인트론자가 자신이 포함된 유전자의 활동을 방해하면 숙주 유기체에 해를 끼칠 수 있으며 자연 선택은 게놈 기생충을 완전히 제거할 수 있습니다. 따라서 이러한 요소는 영향력에서 "가능한 한 중립적"이 되도록 지속적으로 진화하고 있다고 말했습니다. 발렌티나 피오나, Uppsala University의 비교 유전체학자.
Gozashti, Corbett-Detig 및 그들의 동료들은 숙주 유전자의 기능을 방해하지 않는 능력을 반영하는 인트론의 스플라이싱 효율성을 추정했을 때 숙달된 인트론이 어떻게 레이더 아래로 미끄러지는지 알아냈습니다. "실제로 인트론은 다른 인트론보다 더 잘 연결됩니다."라고 Gozashti는 말했습니다. "이것들은 정말 좋아졌습니다."
수중 연결
Gozashti와 그의 동료들의 연구는 인트론자가 진핵생물들 사이에 균등하게 분포되어 있지 않다는 것을 증명했습니다. 예를 들어, introner는 육상 유기체의 게놈에서보다 수중 유기체의 게놈에 나타날 가능성이 XNUMX배 이상 높습니다. 더욱이, 인트론자를 포함하는 수생 종의 게놈의 거의 XNUMX/XNUMX은 여러 인트론자 패밀리를 호스트합니다.
Corbett-Detig, Gozashti 및 그들의 동료들은 이 패턴이 한 종에서 다른 종으로 유전자 서열을 전달하는 수평적 유전자 전달로 설명될 수 있다고 생각합니다. 이러한 비정통적인 유전자 전이는 수생 환경이나 숙주와 기생충 사이와 같이 가까운 종간 연합의 경우에 발생하는 경향이 있다고 설명했습니다. 사이 마 샤 히드, 오클라호마 주립 대학의 식물 생물학자.
수중 환경은 수평적 유전자 전달을 장려 수성 매질은 수많은 종들이 흘린 핵산의 수프가 될 수 있기 때문입니다. 단세포 유기체는 이 스튜에서 노를 저어 다니기 때문에 자신의 DNA에 통합될 수 있는 외부 DNA를 쉽게 흡수할 수 있습니다. 그러나 훨씬 더 복잡한 다세포 종은 알을 낳거나 물에서 수정하여 DNA가 자신의 혈통으로 옮겨질 수 있는 기회를 만듭니다.
개요
클레망 길버트Paris-Saclay 대학의 진화 유전체학자인 는 인트론의 수중 편향이 그의 그룹이 수평적 유전자 전달 사건에서 발견한 것과 유사하다고 생각합니다. 2020년에 그들의 작업은 1,000개 이상의 척추동물 게놈에서 발생한 트랜스포존과 관련된 거의 300개의 뚜렷한 수평 이동을 발견했습니다. 이러한 전이의 대부분은 경골어류에서 일어났다고 Gilbert는 말했습니다.
인트론자가 주로 수생 환경에서 수평적 유전자 전달을 통해 숙주로 가는 길을 찾는다면 진핵생물에서 큰 인트론 증가의 불규칙한 패턴을 설명할 수 있습니다. Corbett-Detig는 육상 유기체는 수평 이동이 그들 사이에서 훨씬 덜 자주 발생하기 때문에 동일한 인트론 폭발을 가질 가능성이 없다고 말했습니다. 전달된 인트론은 조상의 바다 생활의 영구적인 기념품이자 능숙한 게놈 기생충과 함께 운명의 붓으로 수백만 년 동안 게놈에 남아 있을 수 있습니다.
게놈에서 외래 침입 요소로 작용하는 인트론자는 인트론을 갑자기 폭발적으로 삽입하는 이유에 대한 설명이 될 수도 있습니다. 유전체가 트랜스포손의 유전적 부담을 억제하기 위해 사용할 수 있는 방어 메커니즘은 수평 전달에 의해 도착하는 익숙하지 않은 유전 요소에 대해 작동하지 않을 수 있습니다.
Gozashti는 "이제 그 요소는 게놈 전체에서 미칠 수 있습니다."라고 말했습니다. 인트론자가 처음에는 해롭더라도 연구자들은 선택적 압력이 그들을 RNA에서 잘라냄으로써 곧 길들일 수 있다고 가정합니다.
수평적 유전자 전달과 인트론이 수생 환경과 연결되어 있지만, 이 발견은 아직 인트론이 어디에서 왔는지 명확하게 보여주지 않습니다. 그러나 introner의 광범위한 영향력에 대한 발견은 게놈, 특히 진핵생물 게놈이 어떻게 진화했는지에 대한 일부 이론에 도전합니다.
호스트의 잔향
최근 인트론 증가의 보급은 게놈 복잡성의 진화에 대한 일부 아이디어에 대한 균형추 역할을 할 수 있습니다. 한 가지 예는 에 의해 개발된 인트론 진화 이론과 관련이 있습니다. 마이클 린치 2002년 Arizona State University에서. 모델에 따르면 번식 개체수가 적은 종에서는 자연 선택이 도움이 되지 않는 유전자를 제거하는 데 덜 효율적일 수 있습니다. 따라서 Lynch는 이러한 종들이 게놈에 비기능적 유전 쓰레기 더미를 쌓는 경향이 있을 것이라고 제안했습니다. 대조적으로, 매우 큰 번식 개체군을 가진 종은 전혀 많은 인트론을 얻지 않아야 합니다.
그러나 Gozashti, Corbett-Detig 및 그들의 공동 저자는 반대를 발견했습니다. 거대한 번식 개체군을 가진 일부 해양 원생 생물은 수백 또는 수천 명의 인트로너를 가졌습니다. 대조적으로 인트로너는 동물에서는 드물고 육상 식물에서는 없었습니다. 두 그룹 모두 번식 개체수가 훨씬 적었습니다.
침입하는 유전 요소와 숙주 사이의 진화적 군비 경쟁은 더 복잡한 게놈을 생성하는 데 도움이 될 수 있습니다. 기생 요소는 게놈 공간을 놓고 경쟁하기 때문에 숙주에 속하는 유전 요소와 "지속적인 충돌"에 있다고 Gozashti는 설명했습니다. "이 모든 움직이는 조각들은 끊임없이 서로를 발전시키고 있습니다."라고 그는 말했습니다.
이는 인트론 획득이 발생하는 유기체의 기능적 생물학에 대해 의미하는 바에 대한 질문을 제기합니다.
세드릭 페쇼트코넬 대학의 분자생물학자인 코넬 대학의 분자생물학자는 밀접하게 관련된 두 종을 비교하는 것이 흥미로울 것이라고 생각합니다. 그 중 최근의 진화 역사에서 오직 한 종만이 인트론 무리를 경험했습니다. 비교는 인트론의 유입이 어떻게 새로운 유전자의 출현을 촉진할 수 있는지 밝히는 데 도움이 될 수 있습니다. "우리는 인트론을 도입하면 추가 엑손의 포획을 용이하게 할 수 있다는 것을 알고 있기 때문에 완전히 새로운 것입니다."라고 그는 말했습니다.
마찬가지로 Feschotte는 풍부한 인트론이 빠르게 변할 수 있는 유전자 계열의 진화를 촉진하는 데 도움이 될 수 있다고 생각합니다. 새로운 인트론으로 채워진 유전자는 대체 접합으로 가능해진 새로운 가변성을 채택할 수 있습니다.
이렇게 빠르게 진화하는 유전자는 자연계에 널리 퍼져 있습니다. 예를 들어, 독이 있는 종은 종종 다른 먹이나 포식자에 적응하기 위해 유전적 수준에서 독에 있는 복잡한 펩타이드 칵테일을 재혼합해야 합니다. 끝없이 다양한 분자 수용체를 생성하는 면역 체계의 능력은 또한 신속하게 재배열하고 재결합할 수 있는 유전자에 달려 있습니다.
그러나 Peona는 인트로너가 유기체에 이점을 제공할 수 있지만 완전히 중립적일 수도 있다고 경고합니다. 그들은 "기능이나 다른 것에 대해 유죄가 입증될 때까지 무죄"로 간주되어야 합니다.
Corbett-Detig는 “다음에 할 일 중 하나는 메타게노믹 데이터를 살펴보고 서로 다른 두 종에서 정확히 동일한 인트론으로 명확한 수평 이동 사례를 찾는 것입니다.”라고 말했습니다. 이 퍼즐 조각을 찾는 것은 대부분의 진핵생물의 인트론이 어디에서 왔는지에 대한 전체 이야기를 구체화하는 데 도움이 될 것입니다.
이리나 아르키포바시카고 대학교 해양생물학연구소의 분자진화유전학자인 은 어떻게 인트론자가 게놈을 통해 대규모로 확산되고 있는지에 대해 더 많은 것을 알고 싶어합니다. "이 엄청난 이동성의 폭발에 책임이 있는 효소의 흔적을 남기지 않습니다. 그것은 미스터리입니다."라고 그녀는 말했습니다. "기본적으로 아직 움직이고 있는 동안 행동으로 잡아야 합니다."
Gozashti에게 있어 광범위한 진핵생물에서 인트론의 발견은 진핵생물의 본질에 대한 근본적인 질문에 접근하는 방법에 대한 교훈을 제공합니다. 넓게 생각하십시오. 연구는 종종 동물과 육상 식물로 대표되는 작은 생물 다양성에 초점을 맞춥니다. 그러나 모든 생명의 기저에 깔린 게놈 정보의 중요한 패턴을 이해하기 위해서는 “진핵생물의 다양성, 진화에 대해 전혀 알지 못하는 이러한 원생생물 혈통을 더 많이 시퀀싱해야 합니다.”라고 그는 말했습니다. "우리가 육지 식물과 동물을 연구했다면 결코 내향자를 찾지 못했을 것입니다."
편집자 주: Gozashti는 Hopi Hoekstra 연구실의 대학원생으로 콴타.
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