为干细胞和癌症研究进展寻找 DNA 的 3D 结构

威尔康奈尔医学和纽约基因组中心的研究人员与牛津纳米孔技术公司合作，开发了一种新方法，可以大规模评估人类基因组的三维结构，或基因组如何折叠。 基因组是一套完整的遗传指令，DNA或RNA，使有机体能够发挥作用。

使用这种方法，研究人员证明了细胞功能，包括基因表达，可能受到基因组中同时相互作用的调控元件组的影响，而不是这些成分对的影响。

他们使用基因组规模的纳米孔测序。

未来的实验将探索哪些特定的基因组成分分组对于细胞身份的各个方面是必不可少的。 这项新技术还可以帮助研究人员了解干细胞，即身​​体的未成熟主细胞，如何分化成不同的细胞类型。

研究人员可能能够更好地了解癌细胞的异常情况。

Nature Biotechnology – 来自基因组级纳米孔多联体测序的高阶 3D 染色质构象

抽象
两个以上基因组位点之间的高阶三维 (3D) 相互作用在人类染色质中很常见，但它们在基因调控中的作用尚不清楚。 以前的高阶 3D 染色质测定要么测量整个基因组的远距离相互作用，要么测量选定靶点的近端相互作用。 为了解决这一差距，我们开发了 Pore-C，它将染色质构象捕获与多联体的纳米孔测序相结合，以在基因组规模上分析近端高阶染色质接触。 我们还开发了统计方法 Chromunity 来识别高阶接触频率显着高于背景（“协同作用”）的基因组基因座集。 将这些方法应用于人类细胞系，我们发现活性染色质中的增强子和启动子以及高度转录和谱系定义基因中的协同作用富集。 在前列腺癌细胞中，这些包括雄激素驱动转录因子的结合位点和雄激素调节基因的启动子。 相对于相同基因座的成对接触，高表达基因中高阶接触的串联体被去甲基化。 乳腺癌细胞的协同作用与 tyfonas 相关，tyfonas 是一类复杂的 DNA 扩增子。 这些结果将全基因组高阶 3D 相互作用与谱系定义的转录程序严格联系起来，并将 Pore-C 和 Chromunity 建立为评估高阶基因组结构的可扩展方法。